A temporada 2006 ficará marcada na história do Botafogo. Ao conquistar o título do Campeonato Carioca, o Alvinegro soltou o grito de campeão da garganta depois de oito anos de jejum. O ano também será lembrado como o da volta do Glorioso ao cenário internacional, com a participação na Copa Sul-Americana no segundo semestre. Nas competições nacionais, o time da Estrela Solitária não foi bem, sendo eliminado na segunda fase da Copa do Brasil e ficando apenas na 12ª posição no Campeonato Brasileiro.

O último título carioca do Botafogo havia sido em 1997, mas em 2006 a história foi diferente. Sob o comando do técnico Carlos Roberto, o time mostrou uma superioridade desde a primeira rodada. Em uma final inédita e surpreendente contra o Madureira, venceu as duas partidas e deu a volta olímpica no Maracanã. O atacante Dodô foi o artilheiro da competição, com 12 gols.

Na Copa do Brasil, a história foi diferente. Sonho de consumo da diretoria alvinegra, o título da primeira competição nacional do ano passou longe de General Severiano. Depois de eliminar o Operário-MS na primeira fase, o time enfrentou o Ipatinga e sofreu duas derrotas: 3 a 0 no Vale do Aço e 3 a 1 no Maracanã. Eliminação e sonho adiado para 2007.

A caminhada do Botafogo no Campeonato Brasileiro começou com vitória, no dia 16 de abril: 1 a 0 sobre o Fortaleza, no Maracanã. A torcida, empolgada com o título carioca, sonhava com o bicampeonato da competição. Mas depois de seguidos resultados ruins, a equipe chegou a figurar na zona de rebaixamento. A diretoria demitiu Carlos Roberto e contratou o técnico Cuca. Com estilo de trabalho inovador, ele conquistou a confiança do elenco e da torcida alvinegra, livrando o time do risco de voltar para a Série B. Mais do que isso, o Alvinegro chegou às últimas rodadas com chances de conquistar uma vaga na Taça Libertadores. Infelizmente para os alvinegros, as vitórias não aconteceram, mas pelo segundo ano consecutivo o Glorioso conquistou uma vaga para a Copa Sul-Americana.

Por falar em Sul-Americana, o Botafogo poderia ter ido mais longe na competição, mas acabou caindo na primeira fase. O time perdeu a vaga no clássico contra o Fluminense, em duas partidas no Maracanã. A vaga estava garantida até os acréscimos do segundo jogo, mas o carrasco Marcão, em impedimento, empatou e levou a disputa para os pênaltis. E uma das cenas mais bizarras do ano aconteceu justamente nesta partida. O atacante William, que havia entrado no segundo tempo, tentou fazer uma gracinha e cobrou o pênalti de forma ridícula: fraco e no meio do gol. O goleiro Diego, que tinha escolhido um canto, teve tempo de voltar e fazer a defesa.